تتألف إدارة الكلية من عميد ورؤساء أقسام وهيئة تدريس. يتولى العميد إدارة شئون الكلية ويكون مسئولاً عن جميع المسائل الأكاديمية والإدارية والفنية في الكلية. يساعد العميد في مهماته مجلس الكلية والذي يختص بالنظر في خطط مناهج الدراسة وتطويرها وفي خطط التوظيف والابتعاث والبحث والنشر العلمي وغيرها من الأمور الأكاديمية والإدارية والفنية التي يعهد بها إليه عميد الكلية.

تضم كلية إدارة الأعمال الوحدات الآتية:

1. قسم الإدارة والتسويق:

   يهدف هذا القسم إلى إعداد وتأهيل الكفاءات الإدارية القادرة على إدارة المؤسسات وتطبيق المعرفة الإدارية في استخدام الموارد المتاحة. ولهذا الغرض يقدم القسم برامج تعليمية في إدارة الأعمال والتسويق على مستوى الدبلوم المشارك و البكالوريوس والدراسات العليا. ويسير القسم على فلسفة المساق الواحد على مستوى الدبلوم المشارك والبكالوريوس حيث يتيح للطالب - بعد سنتين من الدراسة إما نيل شهادة الدبلوم المشارك ودخول سوق العمل ، أو متابعة الدراسة لمدة سنتين أخريين لنيل شهادة البكالوريوس. وبهذه الطريقة يتم اندماج المرحلتين الوسطي والمتقدمة في التحصيل الجامعي بحيث يتخرج الطالب مزوداً بمهارات عملية تطبيقية ومقررات نظرية تحليلية في آن واحد.

2. قسم الاقتصاد والتمويل:

   يتبع قسم الاقتصاد والتمويل أيضاً فلسفة المساق الواحد لمرحلتي الدبلوم المشارك والبكالوريوس. وهو يهدف إلى تأهيل الطلبة في مجال الأعمال المصرفية والمالية وتوفير الكوادر الوطنية لشغل الوظائف القيادية في المؤسسات المالية بما يدعم مكانة البحرين كمركز دولي للأعمال المصرفية والمالية، كما يقدم مقررات خدمية في الاقتصاد والتمويل لبرامج الكلية الأخرى.

3. قسم المحاسبة:

   يتبع هذا القسم أيضاً فلسفة المساق الواحد على مستوى الدبلوم المشارك والبكالوريوس. يهدف هذا القسم إلى تأهيل الطلبة في مجال المحاسبة ومساعدتهم في دخول سوق العمل أو اجتياز الامتحانات المهنية في المحاسبة. كما يساعد القسم على تشجيع البحوث والاستشارات التي يقوم بها أعضاء هيئة التدريس به.

4. برنامج التعليم الإداري المستمر:

   يقدم البرنامج حلقات دراسية في الموضوعات الإدارية المهمة إلى جانب الدورات الخاصة وورش العمل والندوات والاستشارات التي تقدم بناءً على طلب الجهات الخارجية.

   (هناك دليل خاص لبرنامج التعليم الإداري المستمر يحتوى على تفاصيل أكثر يمكن الرجوع إليه عند الحاجة).

5. برنامج الفترة الثانية:

   وهو برنامج مسائي يهدف إلى إتاحة الفرصة للموظفين في مختلف قطاعات العمل للانتظام في برنامج أكاديمي للحصول على درجة الدبلوم المشارك أو البكالوريوس في نفس التخصصات والبرامج التي تطرحها الكلية في الفترة الصباحية.

6. قسم الإدارة المكتبية