أنشئ مركز زين للتعلم الإلكتروني بعد صدور قرار مجلس الجامعة رقم 188/2004، في 8 مايو 2004.  بادرت جامعة البحرين بإنشاء خطة طموحة لتحديث التعليم ومواكبة المستجدات في عالم التقنية لتوسعة قاعدة الاستفادة لأكبر عدد ممكن من الطلاب وتطوير أداء الهيئة الأكاديمية، وكلف بالبدء في طرح مقررات دراسية واستخدام التعلم الإلكتروني كوسيلة موازية للتعلم التقليدي لتسهيل عملية التعلم وإيصالها للجميع واستخدام التقنية لزيادة التفاعل بين المعلم والمتعلم وتطوير العملية التربوية لتحسين مخرجات التعلم.  التعلم الإلكتروني اصبح تنمو بسرعة كبيرة حيث اصبح حجر زاوية في مجال التعلم الإلكتروني في جميع انحاء العالم وأدى تغيير نوعية التعليم إلى الأفضل، مع توفير متعلمين وخريجين مهرة ومؤهلين تأهيلا عاليا ومستقلة.