إيمانا بأهمية التدقيق الداخلي كنشاط رقابي توكيدي واستشاري بشكل موضوعي ومستقل، يعمل على إضافة القيمة وتطوير عمليات الجامعة، وذلك بمساعدتها لإنجاز أهدافها باتباع طريقة منهجية ومنظمة لتقييم وتحسين فعالية عمليات إدارة المخاطر والرقابة و إجراءات الحوكمة المؤسسية فيها؛ فقد تم إنشاء التدقيق الداخلي منذ تأسيس الجامعة في العام 1986، حيث أفردت في لوائحها المالية و الإدارية، التي تم إقرارها في 31 يناير 1989م، المواد القانونية التي تنظم الضوابط المالية والرقابية، بما فيها وظيفة التدقيق الداخلي والتدقيق الخارجي لحسابات الجامعة.

  • يقوم التدقيق الداخلي بالجامعة بأداء نشاط رقابي توكيدي واستشاري بشكل موضوعي ومستقل، ويعمل على إضافة القيمة والتحسين والمساعدة في تحقيق أهداف إدارة الجامعة باتباع منهج نظامي منضبط لتقييم وتحسين فاعلية عمليات إدارة المخاطر Risk Management، وعمليات الرقابة الداخلية (Internal Control)، والحوكمة (Governance).
  • إدارة الجامعة مسؤولة عن وجود إطار سليم لنظم الرقابة الداخلية (Internal Control Framework) وإدارة المخاطر (Enterprise Risk Management)، والحوكمة (Governance).

يتولى مكتب التدقيق الداخلي أعمال التدقيق الداخلي في الجامعة "وفقاً للمعايير الدولية للتدقيق الداخلي معيار رقم 1000 الغرض والسلطة والمسؤولية"، كما يتضمن نطاق عمل التدقيق الداخلي العديد من خدمات التأكيد والخدمات الاستشارية وذلك على النحو التالي:

خدمات التأكيد: وتتضمن خدمات التأكيد ما يلي:

تم تشكيل لجنة التدقيق من قبل مجلس أمناء جامعة البحرين في دورة انعقاده العادية الخامسة بتاريخ 9 اغسطس 2011 بموجب القرار رقم (36/2011) وذلك بهدف مراجعة التقارير الواردة للمجلس من المدققين الخارجي والداخلي، ومتابعة تنفيذ التوصيات، بحيث تعمل اللجنة كحلقة وصل للتنسيق بين عمل المدقق الخارجي والمدقق الداخلي وادارة الجامعة، وتعزيز التزام الجامعة نحو تبني ممارسات الإدارة الرشيدة.

وفي 20 نوفمبر 2014 وافق مجلس الامناء على دمج اللجنة المالية مع لجنة التدقيق وفقا للقرار رقم (158/2014)، والذي ينص على "وافق مجلس الامناء على دمج اللجنة المالية ولجنة التدقيق المنبثقتين من المجلس في لجنة واحدة تسمى (لجنة التدقيق والمالية)".