يعود تاريخ كلية الهندسة بجامعة البحرين إلى عام 1968م عندما أنشأت كلية الخليج التقنية، والتي أعيد تنظيمها بموجب المرسوم الأميري رقم 2 والصادر بتاريخ 18 فبراير 1981م لتصبح كلية الخليج للتكنولوجيا. و بموجب المرسوم الأميري رقم 12 لسنة 1986م تم دمج كلية الخليج للتكنولوجيا مع الكلية الجامعية للعلوم والآداب والتربية لتتشكل بذلك جامعة البحرين وتصبح كلية الهندسة واحدة من كبرى كلياتها من حيث اعداد البرامج المطروحة والطلاب. وفي العام الاكاديمي 2015-2016 بلغ عدد طلاب الكلية 4200 طالب ينتمون لثقافات وجنسيات عديدة.

تتكون حاليا الكلية من خمسة اقسام هي العمارة التصميم الداخلي وقسم الهندسة الكهربائية والإلكترونية وقسم الهندسة الكيميائية وقسم الهندسة المدنية وقسم الهندسة الميكانيكية. وتقع جميعها في فرع الجامعة في مدينة عيسى. كما يجري العمل على نقل جميع هذه الاقسام الى مقر الجامعة في الصخير بحلول عام 2018م.

تقدم الكلية شهادة البكالويوس في تخصصات الهندسة المدنية و الهندسة الميكانيكية و الهندسة الكهربائية و الهندسة الإلكترونية و الهندسة الكيميائية و هندسة الأجهزة الدقيقة و التحكم و البكالوريوس في العمارة و البكالويوس في التصميم الداخلي بالإضافة إلى ذلك فإن الكلية تقدم شهادة الماجستير والدكتوراه في كل من الهندسة الميكانيكية و المدنية و الكهربائية و الإدارة الهندسية.

وقد حصلت ستة من برامج الكلية على الاعتمادية الأكاديمية الكاملة (accreditation) من مؤسسة الاعتمادية ABET (http://www.abet.org), وهي برامج البكالوريوس في الهندسة الكيميائية و الهندسة الميكانيكية و الهندسة المدنية و الهندسة الكهربائية و الهندسة الإلكترونية و هندسة الأجهزة الدقيقة و التحكم. كما حصل برنامج البكالوريوس في العمارة على الاعتمادية الأكاديمية (substantial equivalency) من مؤسسة NAAB (http://www.naab.org/). كما تستعد الكلية لتقييم برنامج التصميم الداخلي من مؤسسة (http://www.accredit-id.org/) CIDA.