أنشأ قسم الرياضيات مع بداية إنشاء كلية البحرين الجامعية للعلوم والآداب والتربية في عام 1978. وكان قسم الرياضيات موجودا قبل هذا التاريخ كقسم خدمي في كلية الخليج للتكنولوجيا .

أصبح قسم الرياضيات يقدم خدماته لكليات العلوم والهندسة والآداب والتربية وإدارة الأعمال أي إلى جميع الكليات الموجودة في جامعة البحرين هذا بالإضافة إلى برنامج البكالوريوس في الرياضيات الذي من خلاله استطاع القسم أن يخرج المئات من الطلبة المؤهلين رياضيا للعمل في مدراس البحرين بصورة خاصة وفي مجالات أخرى بصورة عامة. وكذلك فإن قسم الرياضيات كان قد طرح برنامج الماجستير في الرياضيات البحتة والتطبيقية وبرنامج البكالوريوس في الإحصاء وبحوث العمليات. وقد تخرج من هذا البرنامج العديد من الطلاب و الطالبات.

ويضم القسم حاليا نحو 36 عضو هيئة تدريس بدرجة الدكتوراه ويتكون برنامج البكالوريوس من تخصص رئيسي في الرياضيات و آخر في الإحصاء وتخصصات فرعية في الكيمياء، والفيزياء، و الإحصاء و الحاسوب أو الأحياء .
بالإضافة إلى أن مقررات وبرامج القسم تماثل ما هو موجود في الجامعات العريقة وكذلك كون خريجي القسم المتميزين أثبتوا كفاءتهم العالية في الدراسات العليا في مختلف جامعات العالم, فإن القسم يسعى حاليا للحصول على الاعتمادية الدولية لبرامج البكالوريوس.